1、產品的種類和大小︰產品種類和狀態千差萬別，微波真空干燥工藝並非固定不變。事實上，在微波真空干燥過程中，物料內部逐漸形成疏松多孔狀，其內部的導熱性開始減弱，即物料逐漸變成不良的熱導體。隨著微波真空干燥過程的進行，內部溫度會高于外部，物料體積愈大，其內外溫度梯度就愈大，內部的熱傳導不能平衡微波所產生的溫差，使溫度梯度達到不能接受的水平。因此，一般應預先把物料處理到較小的粒狀或片狀以改進干燥的效果。粉末狀產品在微波干燥時具有其獨特性。當它們被堆積在一起時不應看成是許多小顆粒，而是一個整體，需要特別注意料層的內外溫差。一般當物料以較大的形式出現時，需在物料接近減速干燥期時，降低微波功率，從而有效減少其內外溫差，但反效果是延長了干燥時間。
2、設備真空度︰壓力越低，水的沸點溫度越低，物料中水分擴散速度加快。微波真空諧振腔內真空度的大小主要受限于擊穿電場強度，因為在真空狀態下，氣體分子易被電場電離，而且空氣、水汽的擊穿場強隨壓力而降低；電磁波頻率越低，氣體擊穿場強越小。氣體擊穿現象最容易發生在微波饋能耦合口以及腔體內場強集中的地方。擊穿放電的發生不僅會消耗微波能，而且會損壞部件並產生較大的微波反射，縮短磁控管使用壽命。如果擊穿放電發生在食品表面，則會使食品焦糊，一般20kV/m的場強就可擊穿食品(介電常數不同)。所以正確選擇真空度大小非常重要，真空度並非越高越好，過高的真空度不僅能耗增大，而且擊穿放電的可能性增大。
